Die Organisation des Naturschutzbeirats von Brandenburg wird durch den Naturschutzbeiräte-Erlass und §35 des Brandenburgischen Naturschutzausführungsgesetzes vorgegeben. Die berufenen Personen des Beirats haben sich bereits durch ihre berufliche Tätigkeit oder im öffentlichen Leben in besonderem Maße für den Naturschutz eingesetzt. Diese neun Expert*innen tagen zweimal jährlich, oft in für den Naturschutz in Brandenburg wichtigen Einrichtungen, wie in Großschutzgebieten oder dem Ministerium. Aus dem Kreis der Mitglieder wird ein*e Vorsitzende*r und ein*e Stellvertreter*in gewählt. Die derzeitigen Vorsitzenden sind Prof. Dr. Ralf Bloch und Dr. Jenny Hammerich. Unterstützt wird der Naturschutzbeirat Brandenburg in seiner Organisation durch eine hauptamtliche Geschäftsstelle.

Die Aufgaben des Landesnaturschutzbeirats sind im Brandenburger Naturschutzausführungsgesetz festgeschrieben. Er hat den Auftrag, die Oberste Naturschutzbehörde des Landes durch Vorschläge und Anregungen fachlich zu unterstützen, Fehlentwicklungen in Natur und Landschaft entgegenzuwirken und der Öffentlichkeit die Absichten und Ziele des Naturschutzes und der Landschaftspflege zu vermitteln. Befindet der Beirat, dass Handlungsbedarf besteht, entwirft er Stellungnahmen und Empfehlungen, die an die oberste Naturschutzbehörde herangetragen werden. Aktuelle Themen des Naturschutzes im Land Brandenburg werden bei den regelmäßigen Sitzungen entweder durch die Beiräte selbst oder aber durch eine Rückkopplung mit den Kreisbeiräten eingebracht und diskutiert.